(あくまでも東京メトロ、東京都交通局に関連するところの話です）
東京メトロ、東京都交通局が行なっている駅ナンバリングですが、
京成電鉄、京浜急行電鉄も行い始め、
2012年に入り、東京急行電鉄、東武鉄道も駅ナンバリングを始めることを言っているようです。
ナンバーの付け方も会社間で色いろあるみたいで、
東京メトロ、東京都交通局、東京急行電鉄は路線ごとに。
東武鉄道は、全線を５エリアに分け、エリアごとに。（路線ごとに連番はしていないみたい)
京成電鉄（北総鉄道、芝山鉄道）、京浜急行電鉄は１路線でナンバリングしている。（支線も連番）
ナンバリングの一覧（ナンバーに該当する路線（または駅、区間)のみ）
東京メトロ
G01～G19 銀座線
M01～M25、m03～m05 丸ノ内線
H01～H21 日比谷線
T01～T23 東西線
C01～C20 千代田線
Y01～Y24 有楽町線
Z01～Z14 半蔵門線
N01～N19 南北線
F01～F16 副都心線
東京都交通局
A01～A20 浅草線
I01～I27 三田線
S01～S21 新宿線
E01～E38 大江戸線
京成電鉄
KS01～KS42 京成本線
KS43 成田湯川駅
KS44 東成田駅
KS45～KS49 押上線
KS50～KS51 金町線
KS52～KS65 千葉・千原線
北総鉄道
HS01～HS14 北総線
芝山鉄道
SR01 芝山千代田駅
京浜急行電鉄
KK01～KK17 品川駅～京急蒲田駅～羽田空港国内線ターミナル駅
KK18～KK26 雑色駅～京急川崎駅～小島新田駅
KK27～KK53 八丁畷駅～金沢八景駅～新逗子駅
KK54～KK64 追浜駅～堀之内駅～浦賀駅
KK65～KK72 新大津駅～三崎口駅
東京急行電鉄
TY01～TY21 東横線
MG01～MG13 目黒線
DT01～DT27 田園都市線
OM01～OM16 大井町線
IK01～IK15 池上線
TM01～TM07 多摩川線
SG01～SG10 世田谷線
KD01～KD03 こどもの国線
東武鉄道
TS01～TS30 東武スカイツリーライン(伊勢崎線 浅草駅・押上駅～東武動物公園駅)
TS41～TS44 亀戸線
TS51 大師線 大師前駅
TI01～TI25 伊勢崎線(和戸駅～伊勢崎駅）
TI31～TI39 佐野線
TI41～TI47 小泉線
TI51～TI57 桐生線
TN01～TN25 日光線
TN31～TN40 宇都宮線
TN51～TN57 鬼怒川線
TD01～TD35 野田線
TJ01～TJ38 東上線
TJ41～TJ47 越生線
さすがにこれだあると駅名を列挙すると大変なことになりそう。
参照元
東京メトロ
駅ナンバリング路線図(PDF)
東京都交通局
Webページ
京成電鉄
路線図(PDF)
ニュースリリース 2010/06/25(PDF)
京浜急行電鉄
ニュースリリース 2010/06/25
東京急行電鉄
ニュースリリース 2012/01/26
東武鉄道
ニュースリリース 2012/02/09(PDF)
